Mousavi çeşitli askeri operasyonlara katıldı ve çatışmaların emektarı olarak kabul ediliyor. 1999-2005 yılları arasında Ordunun ortak personelinin rolünü üstlendi ve 2008'den 2016'ya kadar ordunun başında komutan yardımcısı oldu. 2016'dan 2017'ye kadar Silahlı Kuvvetler Genelkurmay Başkan Yardımcısı rolünü üstlendi. Mousavi'nin ameliyat alanındaki deneyimi, onu silahlı kuvvetlerin operasyonlarının başkanlığını ve daha sonra askeri politikaların araştırma ve geliştirilmesiyle uğraştığı Ordu Stratejik Araştırmalar Merkezi müdürünün konumunu tutmasını sağladı. Randevu mektubunda Khamenei şunları yazdı: “Övünebilir hizmetleri ve değerli deneyimi göz önüne alındığında, Martyr Bagheri'nin halefi olarak atandı”.